Depuis très jeune, Colin Sullivan évolue aux côtés de Frank Costello, parrain de la puissante mafia irlandaise de Boston. Il devient lun de ses plus fidèles collaborateurs et décide, sous les ordres de ce dernier, d'infiltrer la police au sein de l'Unité des Enquêtes Spéciales. De son côté, Billy Costigan, un bleu issu des bas-quartiers est chargé par les autorités d'infiltrer le gang de Costello. Vivant sous la pression constante d'être découverts, Colin et Billy traversent les mêmes épreuves, chacun dans leur camp. Jusqu'au jour où il devient évident pour chaque partie qu'une taupe s'emploie à faire échouer ses plans. Une lutte sans merci s'engage...